Órganos rectores: el Presidente (el Secretario de Estado de Hacienda o quien designe el Gobierno, con rango de Secretario de Estado) y el Director General (rango de Subsecretario, nombrado por el Gobierno). El Presidente ejerce la superior dirección y la representación legal, aprueba la RPT, la oferta de empleo, el Plan de Actuaciones y la estructura orgánica; el Director General dirige la ejecución del Plan y la jefatura superior del personal.
Organización: Departamentos centrales con rango de dirección general (Gestión Tributaria, Inspección Financiera y Tributaria, Recaudación, Aduanas e Impuestos Especiales, Informática Tributaria y Recursos Humanos); órganos territoriales: Delegaciones Especiales, Delegaciones, Administraciones, Administraciones de Aduanas e Impuestos Especiales y Administraciones de asistencia Digital Integral.
Personal: Derecho administrativo o laboral; sigilo riguroso, cuya infracción es falta grave; el personal de los grupos A y B adscrito no puede obtener compatibilidad salvo profesor universitario asociado e investigación o asesoramiento; la selección de A y B se hace a través de la Escuela de Hacienda Pública.
Financiación: transferencias de los PGE, un porcentaje de la recaudación derivada de sus actos de liquidación y gestión (fijado cada año en la Ley de Presupuestos), ingresos por servicios a otras Administraciones, rendimientos de su patrimonio, préstamos por desfases de tesorería y otros ingresos.
Presupuesto: limitativo por su importe global y estimativo en su distribución (salvo personal, subvenciones nominativas y atenciones protocolarias). Control: control financiero permanente exclusivo de la IGAE, sin fiscalización previa de los actos de gestión tributaria. Servicio jurídico propio de Abogados del Estado; servicio de auditoría interna; y una Unidad policial contra el fraude fiscal dependiente orgánicamente del Ministerio del Interior.